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Alphafold不能取代结构生物学家!
刚决定离美归国不久的颜宁 , 再度发声 。
事实上自她宣布“归去来兮”后 , 喧嚣与争议都没停过 。
这其中最匪夷所思的 , 就是关于回来原因的讨论——工作被AI替代了 , 所以在美国混不下去了 。
【颜宁|后离美归国因AI抢走饭碗?颜宁本人辟谣!】于是在深圳“忙到现在”的颜宁 , 终于给出回应:
还罗列出了各种目前AI在结构生物学还无能为力的方面 。
Alphafold仍停留在我们5年前水平 , 与AI团队合作迄今预测无一正确 。
不少网友表示:不懂这行 , 但听到颜老师这么说 , 就放心了 。
“Alphafold仍停留在我们5年前水平”
颜宁离美归国创办深圳医学科学院 , 是在11月1日官宣的 , 一时备受关注 , 圈内圈外不少人都表达了夸赞和期待 。
但一些质疑声也随之而来 。
个中话题 , 涉及其私人经历 , 人事变动 , 甚至论文引用规范……最为引人关注的 , 还是——这位科学家之所以回国 , 因其研究方向已被AI取代 。
对此 , 颜宁的回应可以概括为三个方面 。
其一 , 自己没被AI取代 , 还远着呢;其二 , AlphaFold专注于折叠 , 但对结构生物学领域 , 有三大理解问题 , AI无能为力;其三 , 作为科研工作者 , 当然乐于拥抱技术进步 。
具体来说 。
颜宁所专注的电压门控钠离子和钙离子通道有几个关键问题(electromechanical coupling ion selection MOA of drugs and toxins) , AlphaFold在我们过去解析的诸多结构的基础上 , 于2021年预测结果达到了他们2017年的水平;
但一年过去 , AlphaFold依旧停留在5年前(这里仅针对Nav/Cav) 。
为证明这点 , 她还摆出自己2021年8月及今年11月的两次「AlphaFold局限性」主题报告PPT封面 , 称自己除日期外 , 内容一字也无需改 。
此外 , 她还拿自己的亲身经历作为补充 , 本来已与专门做结构预测的AI团队合作 , 测试新型小分子与蛋白的相互作用 。 但迄今为止预测无一正确 。
接着 , 科普博主颜宁从专业的角度探讨了AlphaFold与结构生物学之间的关系 。
一言以蔽之 , AlphaFold属于蛋白质预测模型 , 专注于折叠 , 但对结构生物学来说 , 在折叠之外 , 有三大理解问题 , AI无能为力 。
- 理解蛋白质的动态变化
- 理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用
- 理解在细胞原位里的状态 。
一个典型的例子 , 就是去年他们团队发表了Cav2.2结构的成果 。 这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道 , 与人体痛觉传导有关 。 解析其结构有助于了解通道调控机理 , 也为相关止痛药设计研发提供思路 。
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